Я решил внести изменения в сгенерированные javadoc файлы с помощью этой простой команды grep & sed. Это зависит от платформы (* nix os):
Например, чтобы скрыть все префиксы пакета "java.lang", запустите его в каталоге javadoc:
grep -rl "java.lang." ./ | xargs sed -i 's/java.lang.//g'
И таким же образом с "java.util." пакет:
grep -rl "java.util." ./ | xargs sed -i 's/java.util.//g'
Надеюсь, это кому-нибудь поможет.