Вы можете сделать так, чтобы цвет ссылок организации всегда соответствовал тексту, в котором они были найдены, но вы не можете сделать это условно в зависимости от того, находятся ли они в заголовках.Если этого достаточно для ваших нужд, попробуйте:
M-x customize-face RET org-link RET
, затем удалите спецификацию «переднего плана» для лица.