Хорошо, я нашел подход, который работает вместе с анимацией:
Макет (укороченный):
<RelativeLayout ...>
<Button ... />
<LinearLayout android:id="@+id/underlay" android:background="#00ffffff" />
<LinearLayout android:id="@+id/overlay" ... />
</RelativeLayout>
Теперь, когда Fading In "overlay", кажется, лучше всего иметь невидимую "underlay", которая немедленно помещается в VISIBLE:
LinearLayout underlay = (LinearLayout)findViewById(R.id.underlay);
underlay.setVisibility(View.VISIBLE);
underlay.setOnClickListener(...);
//now animate the overlay