У меня не возникло проблем, и руководство по переходу утверждает:
Работа над проектом в Xcode 4 Leaves
Ваши настройки Xcode 3 нетронуты
Я также читал где-то еще (но не могу его найти), что Xcode 4 использует формат проекта Xcode 3 без изменений. Пока я могу это подтвердить.