На самом деле, вы не можете защитить папку с помощью сеансов PHP. Просто потому, что это сессии PHP и, очевидно, работает только для файлов PHP.
Если вы говорите о защите PHP-сценариев, вы сами на это ответили: сессии более гибкие и, следовательно, более широко выбираются.
Что касается безопасности, я сомневаюсь, что Basic HTTP-аутентификация на основе веб-сервера более безопасна, чем на основе сеансов. Дайджест один действительно более безопасный, хотя