Используйте adsutil.vbs для установки параметра AspMaxRequestEntityAllowed из командной строки:
cscript adsutil.vbs set w3svc/ASPMaxRequestEntityAllowed 2048000
устанавливает значение в 2 МБ
adsutil.vbs находится в C: \ inetpub \ adminscripts
Обязательно предоставьте учетной записи, на которой запущен пул приложений, права на запись в каталог, в который вы пытаетесь записать.Если я правильно помню, учетная запись AppPool по умолчанию в IIS6: NETWORK SERVICE