Да, запускайте звуковой файл в отдельном потоке, который вы запускаете, когда появляется окно сообщения.Как только MessageBox возвращается с OK, вы можете позвонить в этот поток, сообщив, что музыка должна быть остановлена, или вы можете убить поток.
РЕДАКТИРОВАТЬ
Альтернативой может быть написание собственного AlarmMessageBox, который наследуется от MessageBox.Единственное отличие состоит в том, что при создании он начинает воспроизводить этот звук, а при нажатии кнопки «ОК» он останавливается.Это может работать только в одном потоке.