Почему бы не разместить код jQuery в отдельном файле .js и использовать ненавязчивый JavaScript? С помощью jQuery вы можете так хорошо разделять поведение и разметку, что вам больше никогда не придется включать JavaScript в вашу голову или тело.
Просто используйте стандартную функцию onLoad в jQuery и поместите туда весь свой код инициализации.
Попробуй, думаю, тебе понравится! Если вам нравится использовать CSS для разделения представления и разметки, то jQuery может сделать то же самое с поведением и разметкой.