Построение взаимодействия в R графах - PullRequest
Новая
       27

Построение взаимодействия в R графах

7 голосов
/ 28 февраля 2012

У меня следующий тип данных (хотя количество точек данных очень велико) 

# property data
name <- c("A", "B", "C", "D")
diameter <- c(4.3, 8.3,1.2, 3.3)
X <- c( 1, 2, 3, 4)
Y <- c(1, 3, 3, 4)
colr <- c(10, 20, 34, 12)
propdata <- data.frame (name, diameter, X, Y, colr)


# interaction data
name1 <- c("A", "A", "A", "B", "B")
name2 <- c("B", "C", "D", "C", "D")
score <- c(1.1, 2.2, 5.4, 3.1, 2.0)
relation <- data.frame (name1, name2, score)

Я хочу создать график, аналогичный следующему, чтобы он имел следующее свойство.

(

1) diameter of circles is governed by propdata$diameter 
(2) Position in xy field is governed by cordinates of propdata$X and propdata$y 
(3) Fill color of the circle is controlled by propdata$colr 
 (4) Interaction is governed by relation data.frame, name1 
  and name2 elements will be connected and weight of the line is govenmened 
  by relation$score.

enter image description here

Возможно ли создать такой граф с существующей базой R или любым популярным графическим программным обеспечением или требуется более специализированное программное обеспечение.

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Насколько я могу использовать пузырьковый график: 

 p <- ggplot(propdata, aes(X,Y,size = diameter, label=name))
p <- p + geom_point(colour= "red")+geom_text(size=3) # colour = colr does not work 
p

enter image description here

Ответы [ 2 ]

5 голосов
/ 28 февраля 2012

Вот кое-что, что я быстро приготовил с qgraph: 

library("qgraph")

plot(1,type='n',xlim=c(min(propdata$X)-0.5,
    max(propdata$Y)+0.5),ylim=c(min(propdata$Y)-0.5,max(propdata$Y)+0.5),
    xlab="",ylab="")

col <- rgb(0,1-propdata$colr/max(propdata$colr),0)

qgraph(relation,plot=FALSE,rescale=FALSE,layout=as.matrix(propdata[c("X","Y")]),
        edge.color="darkred",color=col,propdata$colr,directed=FALSE,esize=10,
       vsize=propdata$diameter+2,lcolor="white",curve=c(0,0,-0.2,0,0))

enter image description here

3 голосов
/ 28 февраля 2012

Итак, проблема заключается в создании линейного графика, который представляет взаимодействие.

Для этого вам необходимо отформатировать данные в соответствующей форме. Вы хотите построить сегменты, и для этого вам нужны координаты каждого сегмента в одной строке во фрейме данных: 

interaction <- merge(propdata, relation, by.x="name", by.y="name1")
interaction <- cbind(interaction, 
               merge(propdata, relation, by.x="name", by.y="name2")[, c("X", "Y")])
names(interaction)[8:9] <- c("Xend", "Yend")
interaction

  name diameter X Y colr name2 score Xend Yend
1    A      4.3 1 1   10     B   1.1    2    3
2    A      4.3 1 1   10     C   2.2    3    3
3    A      4.3 1 1   10     D   5.4    3    3
4    B      8.3 2 3   20     C   3.1    4    4
5    B      8.3 2 3   20     D   2.0    4    4

Теперь мы столкнулись с другой проблемой. В ggplot2 вы можете использовать только одну шкалу размеров. Поскольку у вас есть аргумент размера и для точки, и для линии, который действительно представляет две вещи, это не может быть сделано без обходного пути.

Таким образом, обходной путь - рисовать круги вручную, используя geom_polygon.

Построить фрейм данных с кружками: 

circle <- function(x, y, d, color, scale=1){
  d <- d * scale
  angle <- seq(-pi, pi, length = 50) 
  data.frame(
    x = x + d/2*sin(angle), 
    y = y + d/2*cos(angle),
    color=color)
}

circles <- ddply(propdata, .(name), 
                 function(x)with(x, circle(X, Y, diameter, colr, scale=0.2)))

Наконец, создайте сюжет: 

ggplot() + 
  geom_polygon(data=circles, aes(group=name, x=x, y=y, fill=color)) +
  geom_text(data=propdata, aes(x=X, y=Y, label=name), hjust=0, vjust=0) +
  geom_segment(data=interaction, aes(x=X, y=Y, xend=Xend, yend=Yend, size=score)) + 
  scale_size("Inter", to=c(0, 5)) +
  coord_equal()

enter image description here

...