Valadoc делает это. Инструкции по его применению кажутся немного скудными.
Кроме того, если вы пишете библиотеку, которая будет использоваться как в Vala, так и в C, быстрый тест показывает, что Vala сохраняет /**
комментариев к документации при написании кода C. Затем вы можете использовать инструмент документации C, в частности GTK-Doc , для генерации документации.