Есть ли настройка, в которой я могу указать мои сгенерированные T4MVC файлы. Все они идут в корне моего сайта.
Сгенерированные файлы фактически идут туда, где находится сам T4MVC.Поэтому, если вы переместите файл .tt в другое место, это должно быть сделано.