Ваш вопрос не очень понятен.Я понял, что вы не уверены в том, что вы развернете все приложение (включая его зависимости) в файле WAR, а не развернете ваше приложение как WAR плюс JAR, содержащий некоторые из ваших зависимостей.Правильно?
Если вы следуете второму подходу (используя JAR), у вас есть дополнительное преимущество (или бремя) в возможности развертывать их отдельно.Это компромисс, вы должны учитывать, какой подход лучше для вас: развертывание одного файла дает вам «одношаговое» развертывание, но заставляет вас развертывать ваше веб-приложение каждый раз, когда вам нужно развернуть изменения только в одном из вашихзависимостей.