Посмотрите на использование библиотеки, такой как PHPExcel , которая может читать электронные таблицы в различных форматах (включая CSV) и записывать в файлы Excel .xls или .xlsx.
include 'PHPExcel/IOFactory.php';
$inputFileType = 'CSV';
$inputFileName = 'inputFile.csv';
$outputFileType = 'Excel5';
$outputFileName = 'outputFile.xls';
$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReader($inputFileType);
$objPHPExcel = $objReader->load($inputFileName);
$objWriter = PHPExcel_IOFactory::createWriter($objPHPExcel, $outputFileType);
$objWriter->save($outputFileName);