Использовать планировщик заданий. В Windows 7 (более старые версии Win очень похожи):
Пуск -> Все программы -> Стандартные -> Системные инструменты -> Планировщик задач
Главное меню: Действие -> Создать задачу. Вы получите окно конфигурации задачи.
Укажите имя
Выберите переключатель: Запустите, вошел ли пользователь в систему или нет
Установите флажок: Запускать с наивысшими привилегиями (при необходимости)
Выберите вкладку Trigger сверху. Нажмите на кнопку Новый.
В раскрывающемся списке «Начать задачу» выберите «При запуске».
Выберите вкладку Действие сверху. Нажмите на кнопку Новый.
В раскрывающемся списке «Действие» необходимо указать «Запустить программу». Найдите и выберите свой Perl-скрипт. Добавьте любые аргументы, если необходимо.
Другие вкладки, вероятно, можно оставить в покое. Но это самый чистый пользовательский интерфейс для создания программы запуска. Я полагаю, что вы также можете отредактировать реестр и указать для запуска программы / скрипты для запуска, что является довольно стандартной практикой для скриптов установки.
Надеюсь, это поможет.