Каждый раз, когда вы добавляете новый модуль, вам необходимо переконфигурировать интерпретатор в PyDEV. Всякий раз, когда вы делаете это, не забудьте проверить новый модуль, который вы добавляете, чтобы убедиться, что он добавляется в PYTHON PATH.
Кроме того, вы можете настроить каждый проект, добавив в него новый модуль. Но это означает, что вам придется настроить это на проектной основе. Я бы сделал это по-другому.