Я давно пользуюсь Flex и никогда не слышал о подобных проблемах, связанных с использованием отладки по сравнению со стандартными версиями Flash-плеера, но у меня возникли проблемы, схожие с тем, что вы испытываете.
Когда в вашем приложении возникает исключение, такое как попытка доступа к чему-либо в нулевом классе или попытка доступа к элементу 10 в массиве, который имеет только 9, проигрыватель отладки откроет окно, сообщающее, что произошло исключение, и выдаст вы трассируете стек, даже если вы не активно отлаживаете приложение. Стандартного плеера нет, поэтому у пользователя не будет возможности узнать, что что-то пошло не так.
По моему опыту, после возникновения неперехваченного исключения он может сделать весь работающий код с этой точки очень нестабильным, вызывая все перечисленные проблемы и многое другое.
Я сомневаюсь, что ваша проблема имеет какое-то отношение к двум различным игрокам, кроме стандартного, не давая вам никакой информации о состоянии вашего приложения.