Другим решением будет установка обоих файлов и чтение приложения из правильного во время выполнения. Если это файл, который впоследствии может быть изменен вашим приложением, то, вероятно, вы все равно не хотите устанавливать его напрямую, а вместо этого установите «по умолчанию», который читается, если файл «для пользователя» не существует. В этом случае, когда файл «на пользователя» не существует, прочитайте соответствующие глобальные значения по умолчанию для ОС и затем запишите их в файл «на пользователя» при первом запуске (или всякий раз, когда определенный файл не существует).
Иногда то, что имеет смысл при первоначальной разработке приложения, не в конечном итоге приводит к «хорошему» результату установщика Windows, и вам необходимо изменить несколько вещей:)