Какую версию Watin вы используете? У меня также были некоторые трудности с загрузкой под Vista (используя Watin rtw). Но после использования Watin beta 2.0 (30 марта 2009 г.) загрузка работает без проблем. Поэтому сначала проверьте, есть ли у вас новейшая версия, в которой они исправили эту ошибку.
Если это не проблема, не могли бы вы привести пример кода?