Я решил похожую проблему. На платформах Windows, вроде этого:
pathName='.... \FACTORS';%your path
[stat path]=dos(['dir ' pathName '\*.m /s /B >path.txt'] );
name=importdata('path.txt');
delete path.txt
Теперь вы можете увидеть все файлы, которые соответствуют условиям в массиве ячеек "Имя"