Как и то, что сказал Алекс, вы хотите создать новую таблицу, такую как
CREATE TABLE newTable(
#Table definition from current table,
id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT
);
А затем вставить с
INSERT INTO newTable
SELECT * FROM oldTable
ORDER BY orderColumn;
Я думаю, вы можете быстро создать таблицу с помощью
CREATE TABLE newTable LIKE oldTable;
ALTER TABLE newTable ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT;