Я знаю, что этот вопрос старый, но это один из немногих результатов в Google.Итак, вот как вы можете это сделать (по крайней мере с Boto 2.22.1):
conn = S3Connection(
aws_access_key_id=<access>,
aws_secret_access_key=<secret>,
security_token=<token>.,
)