Для каждого элемента, который не должен иметь флажок:
LVITEM lvi;
lvi.stateMask = LVIS_STATEIMAGEMASK;
lvi.state = INDEXTOSTATEIMAGEMASK(0);
::SendMessage(m_hWnd, LVM_SETITEMSTATE, nItem, (LPARAM)&lvi);
Чтобы «создать» флажок для элемента:
SetCheck(Item, true/false);