похоже, что вы удаляете ячейку из таблицы, но не удаляете объект из источника данных таблицы, что создает несоответствие.попробуйте добавить что-то вроде:
[[[self.fetchedResultsController sections] objectAtIndex:indexPath.section] removeObjectAtIndex:indexPath.row];
при использовании tableView:deleteRowsAtIndexes
число, возвращаемое numberOfRowsInSection:
, должно совпадать с количеством строк в вашем tableView, минус / плюсте, которые вы удалили / добавили