Это, вероятно, какой-то бесполезный остаток от Emacs. В emacs каждый раз, когда вы сохраняете файл, он сохраняет резервную копию предыдущей версии файла, и резервная копия получает имя с исходным именем файла с добавленной к нему тильдой. Если это так (что вы можете легко проверить, сравнив file
с file~
), то вы можете спокойно игнорировать все файлы, названные тильдами.