Убедитесь, что пользователь, который запускает скрипт, знает, где находится wkhtmltopdf bin.
Вы можете узнать, где это с какой командой.
which wkhtmltopdf
Также вы можете получить статус возврата команды, установив переменную, равную ей
например,
$last_line = system('ls');
echo $last_line