Наилучшим вариантом здесь является реализация HttpHandler, который выбирает двоичные данные из вашей базы данных и выводит их в поток ответов. Это наиболее эффективный метод, доступный в ASP.Net.
Есть много вопросов о HttpHandlers на SO, поэтому реализовать его должно быть легко: https://stackoverflow.com/questions/tagged/httphandler
Одна вещь, о которой вы должны знать, это то, что вы должны установить правильный тип контента, чтобы браузер распознал документ PDF.