Вы не должны редактировать файлы, которые вы развернули на локальном сервере Tomcat. Вместо этого вам следует отредактировать файлы в вашей среде разработки, а затем повторно развернуть веб-приложение.
В переменной окружения CATALINA_HOME должно быть указано расположение установки tomcat. Развернутые веб-приложения находятся в каталоге webapps. Таким образом, ваш файл будет в папке $ CATALINA_HOME \ webapps \ myip \ folder1 \ folder2 \ file.js, но не редактируйте его там.