Если я правильно понимаю вашу проблему, вам понадобятся следующие ключи для grep:
-R
для рекурсивного сканирования
-l
для печати только совпадающих имен файлов
-f
для чтения шаблонов из файла
-I
для игнорирования двоичных файлов
так:
grep -RlIf patterns-file *
затем передайте этот результат другой утилите для резервного копирования, например, xargs:
grep -RlIf patterns-file * | xargs -I {} mv {} /tmp/backup
или с петлей:
for afile in `grep -RlIf patterns-file *`; do
mv $afile /tmp/backup
done