В iOS 6, похоже, ведет себя как ожидалось.
Хороший совет: если вы хотите, чтобы кнопка появлялась справа, а не слева, используйте один из них:
UIBarButtonItem *flexibleSpace = [[UIBarButtonItem alloc] initWithBarButtonSystemItem:UIBarButtonSystemItemFlexibleSpace target:self action:nil];
Затем инициализируйте панель инструментов с помощью:
[toolBar setItems:[NSArray arrayWithObjects:flexibleSpace, doneButton, nil]];