Конечно. Вы можете сделать что-то в этом духе.
Допустим, у вас есть video1.avi и video2.avi; далее скажем, что они находятся в одном каталоге. Чтобы соединить их вместе, с video1 и video2, вы должны сделать что-то вроде:
string pathTo = @"C:\videos\";
MediaItem mergedVideo = new MediaItem(pathTo + "video1.avi");
mergedVideo.Sources.Add(new Source(pathTo + "video2.avi");
//--And you can keep doing this for more videos like below:
//mergedVideo.Sources.Add(new Source(pathTo + "video3.avi");
//Then just encode the job to get a single video of the two sub-videos
job.MediaItems.Add(mergedVideo);
job.Encode();