Вы можете поместить все строки в промежуточную таблицу в вашей БД, а затем использовать T-SQL для перемещения всех строк, кроме последней, в таблицу получателей.
Возможно, вы могли бы что-то сделать с преобразованием скриптав вашем потоке данных делать то, что вы просите, исключительно с использованием служб SSIS, но это будет намного больше работы, чем описанный выше метод промежуточной таблицы.