Символ '#' является маркером для идентификатора фрагмента в URL. URL с более чем одним знаком "#" искажен. Поэтому, возможно, вам следует попробовать% -экранирование второго символа '#'.
Почему это проблема со стороны disqus? Конечно, проблема на вашей стороне ... в том, что вы не избегаете второго символа "#".
Вы смотрели на источник какой-либо страницы disqus, на которой отображается одна из этих ссылок на комментарии? 2-ой ли '#' экранирован в атрибуте ссылки 'href'? (Если нет, то это ошибка disqus ...)