Похоже, что SQL-запрос не работает. Насколько я знаю, в MySQL нет ни встроенной функции MD5, ни стандарта SQL. Следовательно, если он существует, то, вероятно, он является собственностью конкретной БД.
Тем не менее, вы можете использовать PHP, чтобы проверить это. Попробуйте это, чтобы увидеть, что происходит.
$encrypted_pass = md5($pass);
$query = "SELECT * FROM users WHERE username = '$user' AND password = '$encrypted_pass' LIMIT 1";
echo $query;
$result = $mysqli->query($query);
if ($result !== FALSE) {
echo "<br>Here: " . $result->num_rows;
}
else {
echo "Something is broken.";
}
Ref:
http://us2.php.net/manual/en/mysqli-result.num-rows.php