Это означает, что вы не можете использовать библиотеки JavaFX на машине под управлением Linux. Ни клиентская машина Linux, ни серверная машина Linux не могут их использовать.
Ответ на редактирование
Вы все еще можете хранить и обслуживать JavaFX-код на машинах Linux. Вы просто не можете выполнить код JavaFX на компьютере с Linux.
Обратите внимание, что JavaFX отличается от Java. Вы все еще можете использовать Java на компьютерах с Linux.