Если ваш компьютер достаточно мощный, Eclipse может обрабатывать большую кодовую базу. У меня есть 2-3M строк с несколькими файлами с более чем 10k строк, и индексатор работает хорошо.
Как вы сказали, редактор Eclipse отключает некоторые функции для больших файлов выше определенного порога. Это «ухудшение характеристик» не всегда хорошо, и его можно отключить, или порог можно изменить, если он слишком консервативный.
Перейдите в Окно> Настройки> C / C ++> Редактор> Масштабируемость и настройте.
В настоящее время я установил порог затмения в 50 тыс. Строк для включения масштабируемости. Я забыл настройку по умолчанию, я думаю, что это было 5 КБ, следовательно, ваша проблема с файлами более 8 000 строк.