Локальное хранилище
Это в основном база данных ключ / значение, вы можете использовать ее вместо файлов cookie для хранения настроек или других вариантов использования, для которых вы можете использовать такие компоненты, как memcache на сервере. Я бы лично использовал это для данных, которые необходимо кэшировать.
Кэш приложения
Полагаю, вы имеете в виду кэширование с помощью файла манифеста. Это должно дополнить ваше другое использование кэширования. Это позволяет вам кэшировать фактические ресурсы на устройстве пользователя, такие как изображения, файлы JavaScript и HTML-файлы, чтобы они могли работать в вашем приложении, когда они отключены от Интернета
Web SQL DB
Это база данных, в которой вы хотите хранить пользовательские данные, вы можете использовать ее для данных, которые вы бы хранили в базе данных sql на сервере.