Во-первых, эффект line-height действует только на встроенные элементы. Когда line-height применяется к блоку , встроенному блоку или любому другому типу элемента, который не является встроенным, эффекты действуют только на встроенные элементы-потомки .
Во-вторых, в линейном блоке (абстрактном блоке, включающем встроенные элементы в линию), все встроенные элементы выравниваются вдоль базовой линии. Когда вы изменяете высоту строки для второго элемента div, он добавляет половину ведущей вверху (и внизу) этого встроенного элемента. А верхняя половина ведущей толкает базовую линию ниже, что, в свою очередь, перемещает первый делитель ниже.
Я не совсем уверен, чего вы пытаетесь достичь, но я бы рекомендовал либо использовать свойство вертикального выравнивания, либо просто использовать относительное положение.