Извините, но это действительно старый способ написания htaccess для CI, если htaccess находится в главном каталоге проекта, просто используйте приведенный ниже универсальный код htaccess (для этого не нужны исключенные каталоги и такие, как старый, т.е.
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
так что это также лучше и, как я сказал универсально)
* Это не решит вашу проблему с каталогом, но это лучший способ для CI при обработке удаления index.phpбез необходимости возвращаться каждый раз, когда вы добавляете, скажем, папку с документами или что-то в этом роде.
Удивительный htaccess:
# Customized error messages.
ErrorDocument 404 /index.php
# Set the default handler.
DirectoryIndex index.php
# Various rewrite rules.
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L,QSA]
</IfModule>