У меня есть пять служб Windows, которые существуют в одном и том же exe. Есть ли способ указать Windows, чтобы каждая служба работала как отдельный процесс?
Да. См. API CreateService
Обратите внимание на флаг SERVICE_WIN32_OWN_PROCESS.
Не могли бы вы использовать фоновые рабочие потоки?