У Скотта Голайтли есть видео о , работающем на Java в Azure - так что вам просто нужно выполнить аналогичные шаги, чтобы установить JDK, а затем запустить компилятор из своего кода.
Конечно, если вы найдете компилятор Java, реализованный в .NET, это будет проще, поскольку есть лучшие инструменты для развертывания .NET. Одним из вариантов может быть запуск IKVM.NET , который реализует среду Java в .NET.