Если вы создали проект Java EE 6, IDE не позволит вам попытаться развернуть его на сервере, который не поддерживает Java EE 6. NetBeans 6.9.1 не различает Tomcat 6 (который использует Servlet 2.5) иTomcat 7 (который поддерживает Servlet 3.0).NetBeans 7.0 знает, что Tomcat 7.0 можно использовать для развертывания веб-приложений, которые изначально предназначались для GlassFish 3.0 или 3.1 ...
. Поэтому лучшим решением для вашей ситуации является установка NetBeans 7.0.