Да, GCC по умолчанию будет компилироваться в собственную архитектуру. По крайней мере, это поведение по умолчанию.
Итак, если вы используете установку по умолчанию (либо в составе своего дистрибутива, либо через его менеджер пакетов), вы можете быть уверены, что GCC "сделает все правильно".