Обновление OS X версии 10.9.2 приводит XCode к версии 5.1 (5B130a) и переходит на последнюю стабильную версию (для OS X):
$ clang --version
Apple LLVM version 5.1 (clang-503.0.38) (based on LLVM 3.4svn)
Target: x86_64-apple-darwin13.1.0
Thread model: posix
На моем Mac llvm-gcc и llvm-g ++являются символическими ссылками на этот кланг:
lrwxr-xr-x 1 root wheel 5B 25 Oct 16:48 /usr/bin/llvm-gcc -> clang
lrwxr-xr-x 1 root wheel 7B 25 Oct 16:48 /usr/bin/llvm-g++ -> clang++
В моей последней установке R настроено использование llvm-gcc-4.2, что приведет к ошибке при сборке SHLIB. Создание символических ссылок для llvm-gcc-4.2 и llvm-g ++ - 4.2 таким же образом, вместо замены LLVM или CLANG достаточно для устранения ошибок.