Я не уверен, что вы подразумеваете под "обновить"
Папка HTML-Template - это просто шаблон. Во время сборки все файлы / папки в папке шаблона копируются в папку bin-debug (или bin-release). Это «копия» - это обновление, о котором вы говорите?
Если вы не хотите, чтобы эти файлы копировались каждый раз; просто поместите их в папки bin-debug / bin-release напрямую, а не в папку с шаблонами.
Если ваша папка AMFPHP содержит файлы конфигурации; и ничего больше, тогда вам, вероятно, не нужны эти файлы в папках html-template, bin-debug или bin-release. Вы можете скомпилировать их в SWF с помощью аргумента компилятора служб.
В свойствах проекта Flash Builder также есть параметр, который может помочь. В Flex Compiler снимите флажок «копировать не встроенные файлы в выходную папку». Тем не менее, я думаю, что это относится к файлам в исходном каталоге; не каталог шаблонов HTML.
Помогает ли что-нибудь из этого?