Если предположить, что проблема в том, что у вас есть несколько операторов в одном запросе, вы можете попробовать это вместо этого:
$query_string = "UPDATE _notifications SET _notifications.notification_flag = 0
WHERE _notifications.notification_id IN ('JTQBPULM3M', 'KC7KZT2JAT', 'M6L5T5Z2K0')";
$this->db->query($query_string);
Это сделало бы это единым утверждением.
Я предполагаю, что это работает в phpMyAdmin, потому что я подозреваю, что phpMyAdmin разбивает несколько операторов на отдельные запросы, а не на один. (Чистая догадка, ум.)