PyFlakes не будет работать, если при загрузке плагина определено b:did_pyflakes_plugin
, но после загрузки я не думаю, что есть простой способ его отключить.
То, что я хотел бы сделать, это дать автоматически сгенерированным файлам определенный шаблон имени файла (скажем, * _auto.py), а затем добавить к моему .vimrc: autocmd BufReadPre *_auto.py :let b:did_pyflakes_plugin=1
.