Аннотации, как правило, предпочтительнее, потому что они содержат информацию о классе с кодом класса, поэтому вам не нужно искать в другом месте, чтобы понять это. Это также уменьшает дублирование информации, поскольку вам не нужно выписывать имя класса, чтобы указать, к какому классу относится аннотация.
Опять же, для некоторых вещей может быть полезно собрать всю информацию определенного вида в одном месте (например, сопоставления URL). К счастью, аннотации и конфигурация XML совместимы, поэтому вы можете поместить некоторые элементы в XML и использовать аннотации для всего остального.