Вот один из способов. Ничего особенного, но он выполняет свою работу.
x <- c("A","1","2","3","B","4","5","D","6","7","8","9","10")
y <- cumsum( grepl("[[:alpha:]]", x) )
z <- list()
for(i in unique(y)) z[[x[y==i][1]]] <- as.numeric(x[y==i][-1])
z
# $A
# [1] 1 2 3
#
# $B
# [1] 4 5
#
# $D
# [1] 6 7 8 9 10
# UPDATE: Trying to be a bit more "fancy"
a <- grepl("[[:alpha:]]", x)
b <- factor(cumsum(a), labels=x[a])
c <- lapply(split(x,b), function(x) as.numeric(x[-1]))