Доступ к серверу MS SQL из Windows не должен быть проблемой в целом. Для доступа к нему из Linux эта веб-страница может помочь вам найти способ
http://www.sommarskog.se/mssqlperl/unix.html
Поиск решения, которое работает как в Windows, так и в Linux, - это задача, которую нелегко решить, зависит от точных требований и вашей текущей архитектуры. Например, когда вам просто нужна программа на C ++, вызывающая Perl-скрипт, который работает для вас с БД, этот путь может предоставить вам бесплатное кроссплатформенное решение. Perl бесплатный и кроссплатформенный, а также модули DBI тоже.
С другой стороны, когда ваша кроссплатформенная программа на C ++ использует кроссплатформенную инфраструктуру, такую как Qt, и вам требуется прямое соединение в вашей программе на C ++ с сервером SQL, ODBC может быть лучшим вариантом:
http://doc.qt.nokia.com/4.7/sql-driver.html
К сожалению, согласно информации, приведенной в моей первой ссылке, бесплатных драйверов ODBC для Linux нет, поэтому вы можете прикусить пулю и купить один.