Вы можете использовать метод Debugger.WriteLine для просмотра сообщений в отладчике
Debugger.WriteLine("Don't use this method");
Это легко пропустить или проигнорировать. Более агрессивным способом предотвращения этого может быть утверждение.
Debugger.Fail("Are you sure you want to use this method?");
Еще один способ добиться этого - пометить метод как устаревший. Это приведет к предупреждению во время компиляции против времени отладки. Вы упомянули, что есть несколько мест, где это может быть правильно использовано. В этих случаях вы можете отменить предупреждение об устаревании с помощью прагмы. Это означает, что только новые применения метода вызовут предупреждение о времени компиляции, которое звучит так, как вы хотите.